开发区地处昆山，昆山位于江苏省东南部，是苏州市辖县级市，地处上海与苏州市区之间;中工招商网指出，其北至东北与常熟、太仓两市相连，东与上海嘉定、青浦两区交界，西与苏州工业园区及吴中区接壤，南部水乡古镇周庄与浙江相通，是江苏省3个试点省直管县(市)之一。

昆山国家高新技术产业开发区的前身是1994年国家科委批准设立的昆山国家级星火技术密集区，2006年经省政府批准，命名为江苏昆山高新技术产业园区。2010年9月经国务院批准成为国内首家设在县级市的国家级高新技术产业开发区。